Przyszłość Ziemi jest w waszych rękach. Paryż jest oblężony. Miliony mieszkańców uciekają z Nowego Jorku. Ataki przeprowadzone przez obcych w Nankinie i Changzhou doprowadziły do ogromnej paniki na ulicach Szanghaju. Satelity ochronne wykryły UFO orbitujące nad Meksykiem, Rosją i Brazylią. Ludzkość stoi na krawędzi zagłady. Aby stawić czoła temu pozaziemskiemu zagrożeniu, rządy całego świata się zjednoczyły aby utworzyć elitarną organizację paramilitarną, zwaną XCOM. Jako część XCOM macie do swojej dyspozycji najlepsze wyposażenie i żołnierzy.
Zniszczcie UFO; zbadajcie technologie obcych; chrońcie swoją bazę. Tylko właściwe połączenie umiejętności szybkiego podejmowania decyzji, uważnego planowania i odważnych ruchów pozwolą osiągnąć sukces w starciu z inwazją obcych, którymi kieruje w czasie rzeczywistym specjalna aplikacja. Jesteście ostatnią nadzieją ludzkości!