Król krasnoludów wydał rozkaz wszystkim klanom: konieczne jest odzyskanie Karrak-cüm-Kazar, świętej góry, ojczyzny krasnoludów od czasów pierwszej Ery Brody. Zbyt długo była okupowana przez mrocznych władców, a ich słudzy zbezcześcili sale, w których niegdyś mieszkali najszlachetniejsi z krasnoludów. Ta zniewaga nie może trwać dłużej, krasnoludy powracają do góry.
W grze Covenant gracze rozgrywają swoje tury w trzech epokach. Podczas każdej tury przydzielają krasnoludy swojego klanu do różnorodnych zadań, aby badać starożytne pomieszczenia przodków, wypędzać wrogów oraz odbudowywać dawny dom swojego ludu. Żetony krasnoludów i narzędzia pozwalają na wykonywanie wielu działań: kopanie w górach, pokonywanie napotkanych potworów oraz wznoszenie budynków, które przywracają do życia legendarne krasnoludzkie miasto. Pod koniec gry klan, który zgromadził najwięcej chwały, zyska uznanie monarchy i zwycięży.