Celem gry Ezra and Nehemiah jest zdobycie największej liczby punktów zwycięstwa na koniec gry, które dobywa się przede wszystkim poprzez budowę świątyni, odbudowę murów i bram miasta oraz nauczanie Tory powracających wygnańców. Gracze mogą również starać się rozwijać swoje tereny, podróżować do osad poza murami miasta lub podsycać ogień ołtarza, aby płonął dzień i noc.
Przez 3 tygodnie (Rundy) gracze będą wykorzystywać swoje karty z ręki, robotników i zasobów, aby wspomóc w odbudowie wielkiego miasta Jerozolimy. Po 6 dniach pracy nastąpi dzień szabatu, czyli odpoczynku. Potrzebne będzie jedzenie, a tygodniowa praca zostanie poddana rozważaniom. Gra kończy się po 3 szabatach.