Zbliża się koniec 26 wieku. Ziemia odbudowuje się po katastrofalnej eksplozji, która wieki temu zgładziła większość populacji i spowodowała, że większość powierzchni nie nadaje się do zamieszkania z powodu nieprzyjaznych ludziom warunków pogodowych. Ludzie, którzy przeżyli, zorganizowali sie wokół czterech radykalnie różnych ideologii, by odbudować świat według własnego uznania: Harmonia, Dominacja, Postęp i Zbawienie, zwanych Ścieżkami. Zwolennicy czterech Ścieżek żyją obok siebie w kruchym pokoju, ale w niemal całkowitej izolacji. Ich jedynym miejscem spotkań jest ostatnie duże miasto na Ziemi, obecnie znane jako Stolica.
Poprzez uruchomienie tajemniczych Czasowych Szczelin, które otworzyły się w wyniku kataklizmu, każda Ścieżka jest w stanie dotrzeć do konkretnych momentów z przeszłości. Może to znacznie przyspieszyć ich postęp, ale zbyt wiele ingerencji może zagrozić kontinuum czasoprzestrzeni. Postęp jest jednak ważniejszy niż kiedykolwiek wcześniej: jeśli wierzyć tajemniczej wiadomości przybyłej przez Szczelinę czasu, na horyzoncie pojawia się jeszcze straszniejszy kataklizm: asteroida niosąca tajemniczą substancję zwaną Neutronium zmierza w kierunku Ziemi. Jeszcze dziwniejsze, naukowcy twierdzą, że sygnatura energetyczna asteroidu jest podobna tej z eksplozji sprzed wieków ...
Anachrony ma unikalny dwupoziomowy system rozmieszczania pracowników. Aby udać się do stolicy lub wyruszyć na spustoszone tereny w poszukiwaniu zasobów, gracze potrzebują nie tylko różnych specjalistów (inżynierów, naukowców, administratorów i geniuszy), ale także specjalnych strojów - Exosuits - a obydwu brakuje.
Gra rozgrywana jest w 4-7 turach, w zależności od czasu, w którym nadejdzie kataklizm (o ile oczywiście nie uda mu się zapobiec!) Tury, które upłynęły, są mierzone na dynamicznej Osi czasu. Dzięki zasilaniu Czasowych Szczelin gracze mogą sięgać do wcześniejszych tur, aby zaopatrzyć swoje przeszłe "ja" w zasoby. Każda Ścieżka ma zupełnie inny cel, który nagradza ją ogromną ilością Punktów Zwycięstwa, gdy zostanie osiągnięty. Bazy Ścieżek przetrwają uderzenie, ale Stolica nie. Ścieżka, która zbierze najwięcej punktów, zostanie Stolicą, a więc najważniejszą siłą pozostałą na planecie ...