Star Empires to szybka gra o kontroli obszarów dla 1–6 graczy. W trakcie rozgrywki uczestnicy kolonizują galaktykę, przemieszczając swoje statki po modułowej planszy złożonej z heksagonalnych pól przedstawiających systemy gwiezdne. Plansza tworzona jest z siedmiu dwustronnych kafli sektorów, dzięki czemu każda partia oferuje inny układ mapy i nowe wyzwania.
W swojej turze gracz musi poruszyć jednym ze swoich statków. Statek może przemieścić się w linii prostej na dowolną odległość, jednak nie może przelecieć przez systemy kontrolowane przez przeciwników. Po zakończeniu ruchu gracz decyduje, czy w danym systemie założy kolonię, czy zbuduje stację handlową. Oba rodzaje znaczników zapewniają kontrolę nad systemem do końca gry, jednak stacja handlowa dodatkowo przynosi punkty za każdy sąsiedni system kontrolowany przez rywali.
Gra kończy się, gdy wszyscy gracze umieszczą na planszy wszystkie swoje kolonie i stacje handlowe lub gdy żaden statek nie będzie mógł wykonać ruchu, ponieważ wszystkie drogi zostaną zablokowane przez kontrolowane systemy.
Po zakończeniu rozgrywki gracze podliczają zdobyte punkty. Każdy otrzymuje po jednym punkcie za każdą planetę znajdującą się w kontrolowanych przez niego systemach (na planszy systemy zawierają od jednej do trzech planet). Dodatkowe punkty przynoszą również mgławice, im więcej mgławic tego samego koloru uda się zgromadzić, tym wyższy będzie wynik. Punkty można zdobywać także dzięki specjalnym systemom, takim jak Niezbadane Systemy, dostępne w jednym z wariantów gry. Zwycięża gracz, który zgromadzi najwięcej punktów.