W Naruto Shippuden Deck-Building Game wcielasz się w Naruto lub jednego z jego towarzyszy i stajesz do walki z przestępcami rangi S, takimi jak Orochimaru czy członkowie Akatsuki, przemierzając odległe krainy na drodze do zostania najsilniejszym ninja w historii. Zaczynając jedynie z podstawowymi umiejętnościami, będziesz zdobywać sojuszników, ekwipunek, budować czakrę i opanowywać potężne techniki, aby pokonywać jak najwięcej arcywrogów.
Gra wykorzystuje silnik deck-buildingu „Cerebus” firmy Cryptozoic, w którym gracze używają Siły jako waluty do pozyskiwania lub pokonywania dostępnych kart. Wprowadza jednak również nowy zasób, Czakrę, stanowiącą źródło energii dla postaci oraz wielu kart w grze. Czy skupisz się na maksymalizacji swojej Czakry? A może wypróbujesz nowe rozwiązania, takie jak „pozytywne ataki” czy karty dające natychmiastowe bonusy po ich zakupie?