Nanolith to cyberpunkowy-dungeon crawler z ciężkimi elementami rpg. Gra toczy się w dwóch księgach (encounterbook i storybook), które przedstawiają graczom fatalistyczną historię czterech głównych bohaterów i ich dążenie do odzyskania utraconych wspomnień. W księdze spotkań dzieła sztuki, mapy scenariuszy i komiksy opowiadają postępującą historię ludzkiej cywilizacji na skraju zagłady. Wyniki scenariuszy, przedmioty, które gracze zdobywają podczas spotkań i decyzje graczy odnoszą się do tekstów w storybooku, które rozwijają zaskakującą i kreatywną powieść umieszczoną w świecie nanolith.