Cuzco to reimplementacja gry Bora Bora, w której gracze wcielają się w Chasqui, posłańców Imperium Inków, którzy na polecenie Sapa Inca dostarczają wiadomości z Cuzco do wiosek rozsianych po całym imperium.
Równolegle rozwijają swoją pozycję społeczną, studiując na Uniwersytecie w Cuzco oraz prowadząc gospodarstwo rolne, które zapewnia im zasoby i stabilność ekonomiczną. Istotną rolę odgrywa także religia, gracze wysyłają kapłanów do świątyń i składają ofiary, aby zyskać przychylność bogów.
Gra łączy więc kilka równoległych ścieżek rozwoju: logistykę dostaw, rozwój osobisty, zarządzanie ekonomią oraz wpływy religijne, które wspólnie budują przewagę gracza w rywalizacji o status w imperium.