Gdzieś na mroźnym pustkowiu Antarktydy rozbija się meteoryt. Znalezione w nim obce mikroby zostają przeniesione do tajnej placówki badawczej, coś jednak idzie nie tak. Obce mikroby wydostają się z laboratorium i rozprzestrzeniają, gdy ludzie w ekstremalnych warunkach zaczynają wymierać. Ostatni żywy postanawia nie dopuścić do ich wydostania się na zewnątrz placówki i uruchamia autodestrukcję.
W Chromosome wcielacie się w pozaziemskie mikroby, które przybyły na Ziemię wraz z meteorytem. Nieszczęśliwe awarie sprawiły, że placówka badawcza w której mikroby były trzymane pozostaje bez ludzkiego nadzoru i niedługo ulegnie zniszczeniu. Waszym celem jest przetrwać i wydostać się na zewnatrz. W tym celu będziecie się mnożyć, mutować, walczyć z innymi mikrobami. Wygra ten, który potrafi się lepiej przystosować i pokona konkurentów.