Capsule Collector to gra oparta na kolekcjonowaniu zestawów dla 2–4 graczy, w której uczestnicy rywalizują o zdobywanie i otwieranie kolorowych kapsuł z zabawkami. W każdej turze gracze dobierają karty z talii i dokładają je do wspólnej kolejki. Następnie wybierają jeden z kolorów i zabierają wszystkie dostępne karty w tym kolorze, umieszczając je na swojej planszy kolekcji o wymiarach 4 × 4. Karty początkowo trafiają na planszę stroną z kapsułą do góry, dlatego, aby zdobywać punkty, trzeba umiejętnie korzystać z płytek akcji, które pozwalają odwracać je na stronę z zabawką.
Sercem gry jest dynamiczny system akcji. Liczba kart zabranych w danej turze decyduje o tym, która płytka akcji zostanie aktywowana. Po jej użyciu płytki przesuwają się, zmieniając zestaw dostępnych działań w kolejnych turach. Rozgrywka kończy się w chwili, gdy jeden z graczy zapełni swoją siatkę 16 kart. Następnie następuje końcowe punktowanie.
Zabawki występują z różną częstotliwością. Przykładowo zestaw czerwonych kapsuł może zawierać trzy bardzo cenne zabawki oznaczone 5 gwiazdkami, pięć zabawek 3-gwiazdkowych oraz dziesięć zabawek 1-gwiazdkowych. Oznacza to, że szansa na zdobycie najcenniejszych zabawek zależy od wybranego koloru i liczby kart należących do danego zestawu.
Aby zmaksymalizować wynik, gracze wykorzystują akcje Open, które pozwalają jednocześnie otworzyć połączoną grupę kapsuł w tym samym kolorze, lub korzystają z żetonów Open, aby odsłonić pojedyncze karty.